En mars 2003, la Coalition fit parvenir une lettre à la procureure Del Ponte afin d’exprimer sa vive inquiétude devant le fait que les enquêtes et les poursuites pour les crimes de violence sexuelle avaient connu un recul au cours de son mandat. La Coalition estimait qu’à moins que des mesures immédiates et efficaces ne soient prises pour rectifier la situation, les femmes rwandaises n’obtiendraient pas justice au TPIR. En juillet 2003, la Coalition a insisté auprès du Secrétaire général des Nations Unies, Kofi Annan, pour qu’il prenne en considération cet enjeu lors du renouvellement du mandat de la procureure. À la fin de juillet 2003, le Secrétaire général a annoncé sa décision de remplacer Carla Del Ponte.
En novembre et décembre 2000, des preuves de viol et d'autres formes de violence sexuelle ont été apportées dans l'affaire le Procureur c. Bagambiki et consorts. Cependant, malgré l'existence de ces éléments de preuve, aucun chef d'accusation relatif à des viols ou violences sexuelles ne figurait dans l'acte d'accusation. En février 2001, la Coalition a demandé à la Cour la permission de déposer un mémoire, dans lequel elle invitait la procureure à modifier l'acte d'accusation pour y inclure les crimes de viol et de violences sexuelles. Le Conseil de la défense s'est opposé à cette requête. Cependant, la procureure Del Ponte, après avoir pris connaissance du mémoire, a annoncé qu'elle allait effectivement inclure des chefs d'accusation de violence sexuelle dans l'acte d'accusation. Cette annonce a partiellement influencé le rejet ultérieur par le tribunal de la requête en amicus curiae de la Coalition.
Le 11 juillet 2001, la Coalition a fait parvenir un mémorandum au Greffe du TPIR pour demander à la Cour de reconsidérer sa décision en ce qui regarde sa requête en amicus curiae et parce qu'elle estime que la Chambre de première instance III a improprement appliqué la norme inhérente à la règle 74 du Règlement de procédure et de preuve. Deux ans plus tard, tel que mentionné dans une lettre à Kofi Annan, aucun chef d’accusation de violence sexuelle n’avait encore été intégré à l’acte d’accusation, malgré la réponse de la procureure Del Ponte à la demande d'autorisation de la Coalition d'intervenir à titre d'amicus curiae, en date du 8 mai 2001, par laquelle la procureure avait déclaré son intention d'inclure dès que possible de nouveaux chefs d'accusation relatifs à des viols à l'endroit des accusés Emmanuel Bagambiki et Samuel Imanishimwe.
Le 27 février 2004, le TPIR a rendu son verdict dans l’affaire Cyangugu, condamnant Imanishimwe et acquittant Ntagerura ainsi que Bagambiki. Les groupes de femmes à Cyangugu ont protesté contre la décision, qu’elles considèrent être un déni de justice de la part du TPIR.
Le 17 octobre 1997, la Coalition a envoyé à la juge Louise Arbour une lettre abordant les problématiques de la protection des témoins avant, pendant et après les procès au TPIR, les méthodes d’enquête ainsi que la caractérisation des formes de violence sexuelle dans les actes d’accusation. Un rapport intitulé La Protection des témoins, les femmes et le TPIR, préparé par Connie Walsh au cours d'une mission d'enquête sur les droits de la personne au Rwanda en juin et juillet 1997 et consignant des informations provenant de sources publiques et d'entrevues auprès de groupes de femmes rwandaises, de femmes et de membres du personnel du TPIR, était joint à la lettre. En 2002, la Coalition a préparé un guide traitant de la protection des droits des femmes témoins à l’usage du TPIR.
Le 27 mai 1997, la Coalition a déposé un mémoire d’amicus curiae dans l’affaire contre Jean-Paul Akayesu, demandant une modification de l’acte d’accusation et le renforcement des éléments de preuve afin que soient poursuivis les viols et autres formes de violence sexuelle relevant de la compétence du TPIR. Le mémoire de l’amicus a été signé par plus de 40 organisations oeuvrant dans le domaine des droits de la personne, y compris plusieurs groupes de défense des droits des femmes rwandaises. Le 17 juin 1997, le procureur a modifié l’acte d’accusation de Jean-Paul Akayesu afin d’inclure des chefs de viol et de traitement inhumain.
Le 2 octobre 1998, le Tribunal pénal international pour le Rwanda a condamné l'ancien bourgmestre Jean-Paul Akayesu à trois peines d'emprisonnement pour génocide et crimes contre l'humanité ainsi qu’à 80 ans d'emprisonnement pour viol et d'autres crimes y compris d'avoir encouragé la perpétration de viols et d'actes de violence sexuelle. C’était la première fois qu’une cour internationale punissait la violence sexuelle perpétrée dans le cadre d'une guerre civile et reconnaissait le viol comme un acte de génocide ainsi qu'un acte de torture.
